Em uma manhã fria de dezembro, Kyon acorda em um mundo onde a Brigada SOS simplesmente nunca existiu. Seus amigos não o reconhecem e, para piorar, a excêntrica Haruhi Suzumiya desapareceu sem deixar rastros. Agora, ele precisa correr contra o tempo para descobrir o que mudou a realidade e encontrar uma forma de trazer o seu mundo de volta.