Dois anos após os eventos de Final Fantasy VII, as ruínas de Midgar permanecem como um testemunho dos sacrifícios feitos para trazer a paz. No entanto, o mundo logo enfrentará uma nova ameaça. Uma doença misteriosa se espalha rapidamente. Antigos inimigos estão se movimentando. E Cloud, que deixou para trás a vida de herói para viver na solidão, precisa entrar em ação mais uma vez...